Câu lạc bộ FC Vaduz được thành lập vào ngày 14 tháng 2 năm 1932 tại Vaduz và chủ tịch đầu tiên của câu lạc bộ là Johann Walser. FC Vaduz là câu lạc bộ bóng đá chuyên nghiệp duy nhất ở Liechtenstein. Trong trận đấu giao hữu đầu tiên của mình, câu lạc bộ đã thi đấu với Balzers vào ngày 24 tháng 4 năm đó, đội bóng mới được sinh ra đã giành chiến thắng với tỉ số 2-1. Câu lạc bộ chơi trong Hiệp hội bóng đá Vorarlberger ở Áo vào mùa giải 1932. Năm 1933, Vaduz bắt đầu chơi ở Thụy Sĩ. Trong những năm tiếp theo, Vaduz đã phải thi đấu qua nhiều hạng khác nhau của bóng đá Thụy Sĩ và giành được Cup Liechtensteiner đầu tiên vào năm 1949. Vaduz có một giai đoạn thi đấu kéo dài ở hạng 1. Liga từ năm 1960 đến năm 1973, là hạng thứ ba của hệ thống giải bóng đá Thụy Sĩ.

Vaduz đã được yêu cầu trả một khoản phí cho Hiệp hội bóng đá Thụy Sĩ để tham gia như một câu lạc bộ nước ngoài, khoảng 150.000 bảng mỗi năm. Đã có những lời kêu gọi hủy bỏ thỏa thuận này, nhưng các cuộc thảo luận có nghĩa là một thỏa thuận lâu dài đã diễn ra để đại diện Liechtenstein được phép tham gia vào Challenge League hoặc Super League trong tương lai.[1]

Từ mùa giải 2001 2001, Vaduz đã chơi ở Swiss Challenge League (trước đây gọi là Nationalliga B), hạng thứ hai của hệ thống giải đấu Thụy Sĩ. Kể từ đó, Vaduz là một trong những đội hay nhất trong hạng nhì và thường xuyên tham gia vào cuộc đua giành vé thăng hạng lên Super League, đặc biệt là vào năm 2004 và 2005, chơi trận play-off thăng hạng trong cả hai mùa nhưng không thành. Trong mùa giải 2007-08, Vaduz lần đầu tiên thăng hạng lên Super League vào ngày 12 tháng 5 năm 2008 bằng cách vô địch giải đấu Swiss Challenge League vào ngày cuối cùng của mùa giải, lần đầu tiên có một đội đến từ Liechtenstein trở thành đại diện ở hạng đấu cao nhất của bóng đá Thụy Sĩ. Tuy nhiên, Vaduz đã xuống hạng trở lại sau một mùa giải.

Vào tháng 5 năm 2010, hai đội Liechtenstein FC Vaduz và USV Eschen / Mauren đã quyết định hợp tác tốt hơn, đặc biệt là về trao đổi và khả năng phát triển của các cầu thủ của cả hai đội. Về nguyên tắc, thỏa thuận nên thay thế cấu trúc bị thiếu tại FC Vaduz và thúc đẩy hợp tác bóng đá Liechtenstein. FC Vaduz là địa chỉ đầu tiên cho các cầu thủ bóng đá chuyên nghiệp.

Năm 1992, lần đầu tiên, Vaduz đủ điều kiện tham gia bóng đá châu Âu, tham dự UEFA Cup Winners 'Cup với tư cách là đội chiến thắng Liechtenstein Cup, nhưng đã thua với tổng tỉ số 1-12 trước Chornomorets Odesa của Ukraine ở vòng loại. Vào năm 1996, Vaduz đủ điều kiện cho vòng đầu tiên với chiến thắng đầu tiên tại châu Âu, giành chiến thắng 5-3 trên chấm phạt đền trước Đại học Riga của Latvia, sau khi hòa với tổng tỉ số 2-2, mặc dù Vaduz đã thua tan nát 0-7 trước Paris Saint-Germain sau 2 lượt trận.

Sau khi Cup Winners 'Cup bị bãi bỏ, Vaduz đã tham dự hàng năm vòng loại UEFA Cup (nay là UEFA Europa League) do giành được Cup Liechtenstein mỗi năm kể từ năm 1998 do là đội bóng hàng đầu ở Liechtenstein. Tuy nhiên, họ chưa bao giờ vượt qua vòng loại cho đến nay.

Tuy nhiên, Vaduz đã suýt lọt vào vòng đầu tiên của UEFA Cup năm 2002. Với tổng tỉ số khi đó là hòa, và với đối thủ Livingston dự kiến sẽ thắng nhờ luật bàn thắng trên sân khách, Vaduz đã giành được một quả phạt góc. Marius Zarn tung ra một cú sút vào khung thành. Tuy nhiên, trọng tài (Luke Harrington) đã thổi còi hết giờ ngay trước khi bóng đi qua vạch vôi, và Livingston đã chiến thắng trong tình huống gây tranh cãi.

Vaduz đã thăng hạng trở lại Swiss Super League vào mùa 2014-15. Vaduz kết thúc ở vị trí thứ 9 với 31 điểm giành được, lần đầu tiên trụ lại thành công ở giải đấu hàng đầu Thụy Sĩ. Họ cũng đã giành được chiếc cúp Liechtenstein thứ 43 của mình, trở thành người đội kỷ lục thế giới của một chiếc cúp quốc gia trong lịch sử.

Sau 3 năm ở hạng nhất Thụy Sĩ, câu lạc bộ đã xuống hạng vào mùa 2016-17. Câu lạc bộ hiện đang thi đấu tại Swiss Challenge League, giải hạng 2 Thụy Sĩ.